» 001
レイヤーパレット

» 002
ファイル→書類情報→オブジェクト
リストを見ながら選択範囲をいろいろ変えてみる。
専用のツールは知りません。

» 003
以前書き込んだ内容をそのままコピペ。

透明効果がどこで使われているかは
以下の方法で、どこが原因か確認できます。ちょっと手間ですが。

・問題のAIファイルを、別名保存にて
　AIのVer8形式、アピアランスを保持で保存。
・一旦閉じる
・保存したものを開いてみる

すると、透明効果がかかっている部分が画像に分割されています。
そこが原因なので、元ファイルを開き再度チェックしてみてください。

» 004
003補足。
上記の方法は、ほとんどを見つけることができますが
パスデータを乗算で重ねたものなどが見つけれない場合もありました。
確実な方法ではなく簡易的な方法であるということは頭の隅に置いててくださいー。

» 005
Acrobatなどのプリフライト機能で解析・検証するのが確実です。

» 006
で、一番簡単かなあと思える手順は、Acrobat Professional版のアイコンにネイティブファイルをドロップして開き、[文書] ＞ [プリフライト]で、ダイアログボックスが出たら、リストの中からPDF 1.2より新しい機能等、透明をサポートしていないバージョンのものを選び、解析ボタンをクリック。
結果の中に赤丸に透明効果を使用があれば、その項目を選択すると、透明効果を使用しているオブジェクトが赤い点線の四角で囲まれる。