お世話になります。

Mac Photoshop5.5Jで自転車の画像をクリッピングパスで切り抜き、EPS保存をしてIllustrator8.0.1に配置で張り付けました。
そのときは問題なく綺麗に切り抜きできているのですが、その画像を埋め込むと、切り抜きできているところと、背景が見えてしまっているところができてしまうのです。

すべての画像に言えることではなく、たまにこういうことが起こります。
新規パスレイヤー（？）に一番元になる（？）大きな画像のパスを一番下にして、コピーし、その後切り抜きたいところのパスを上からコピーするとその問題が解決することもあるのですが、今回はそういうことになりません。
自転車の切り抜きと言うこともあって、一からやり直すのもいやなのですが、こういうデータはそのまま（埋め込まずに）製版に出しても問題はないのでしょうか？

よろしくお願いいたします。