» 001
具体的に、何に網点が入っていたのでしょうか？

＞PSプリンターでは全く出てないです。

普通紙のpsプリンタだと5％だと再現されないで白でプリントされる可能性もあり、フィルムやCTP出力で再現されたのであれば、もしかして出力ジョブ字体に既に5％の網が入っている可能性も考えられます。データか出力の設定の仕方の可能性が大きいと思います。

印刷会社へはどの様なデータを入稿されての結果だったのでしょうか？
生データですか、それとも出力ジョブ（PDFなど）的なものでしょうか？

この辺りから、機械的なのかソフト的なのか或いはデータに問題点が含まれているのか徐々に絞っていきましょう。

» 002
プロファイルの埋め込みなどはどうでしょう？
＞2階調の画像では問題がないので，やむおえず100点近く変換しました。
2値化して大丈夫だったのでしょうか？仕上がりが心配です・・・。

» 003
EPS保存時のチェックオプションはどのようになっていますでしょうか？

» 004
網点の入っている場所は、
QXの画像ボックス内の画像の範囲のみです。
（アミはボックス全体ではなく画像の背景だけです）

入稿データはそのままのデータです。

プロファイルの埋め込みはありません。
保存時のチェックオプションはすべてなしです。

数点を除いて本来なら2値化すべきデータでしたので基本的には問題ないはずです。
（作業は他の編集者が行っていて、入稿時には気がついていたのですが、仕上がりに大差はないと判断し、時間がなくそのまま入稿しました）

» 005
>保存時のチェックオプションはすべてなしです。

　解像度、エンコーディング、ポストスクリプトカラーマネジメントあたりの話でしょ。ポストスクリプトカラーマネジメントは、Photoshopだけでは調べようがありません。

　あとは、XTentionのEFICOLORかな。

» 006
自社で制作したものは大丈夫で、その入稿データだけに不具合が起きたのかどうかです。
入稿データだけの不具合であれば、すべて上書き保存をすればよいだけです。

» 007
Jpegエンコーディングにしたんじゃないの。