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OS9を上書き再インストール？
インストールしたばかりの無垢なOS9なら、上手く行くかもしれないね。

何故そんなことしたいのかわからないんですけど。
通常は新規インストールして
徐々に元の環境に戻して行くものですけど。
何故なら、上書きでは、不調の原因を引き継ぐことが多いし、
システム書類の中には、アップデートしているものもあるし、各プログラムのインストールで追加されているものもあるし上書き不可能って思った方がいいんじゃない？
例えできても、健康状態のものとの完全置き換えは無理だと諦めた方がいいと思います。

それより、、OS9のバックアップは取ってないのですか
もしそうなら、無謀だなぁと思います。

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せめて環境ぐらい書いてください。
何かうまく出来ないって言われても
どううまく出来ないのかあなた以外に分かりません。

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言葉足らずですみません。
OSX環境では全く問題なく使用できる状態なのですが、
OS９で立ち上げたときに、shiftを押した状態でないと立ち上がらなくなてしまったのです。
結局、新規インストールしてアプリなどすべて入れ直しました。
アドバイスいただいてありがとうございます。
以前よりも動きが軽くなったような印象です。