CSイラレファイル→CS2で再保存→IndesignCS2で位置ズレ

IllustratorCS のaiデータが貼り込まれた IndesignCS2 のドキュメントがあります。
CS形式が混在するのが嫌なので、
IllustratorCS 形式のaiのファイルを開き、CS2 形式で再保存。
IndesignCS2 のドキュメントに戻り、リンクを更新。

すると、位置がズレてしまいます。
ファイル形式を変えた以外は何もいじってないのですが、位置がズレます。

これはなぜか、どうしたらズレないようになるのか、わかる方いらしたら教えてください。

作業環境はOS10.4.11のG5です。

ちなみに同じように、EPS形式 のイラレファイルを ai形式 で再保存し、リンクを更新するとやはりズレることがあります。
これは同じ現象なんでしょうか?
こちらもわかる方がいらしたら教えてください。

ネットで検索してもヒットしなかったので・・・
» 001
何を基準点にしてズレてるか分かれば
自ずと答えは出るんじゃないの?
» 002
ai形式PDFです。配置オプションはなんでした?
» 003
ai形式PDFなのは承知してます。
配置オプションはすべて「境界線ボックス」です。

いま問題にしてるイラレファイルは、オブジェクトがテキストオブジェクトのみだけのデータ。
ズレるのは、更新したときに下にズレるのみ。
左右にはズレないです。

なので。

CSとCS2のai形式、それとEPS(作ったバージョンは不明)とCS2のai形式では、行送りの認識でも違うのかなぁとは思いましたが。

ただ

・なんとなくどの辺が原因になのかはわかっても、解決策がわからなければ意味ない
・テキストオブジェクトが一番上とか左とかにあるわけではないイラレファイルでも起こることがあった

ので、最初に書いた情報量で質問をした次第です。
ちなみに、配置するときのプレビュー画面で既に縦方向の開始点が違うんですよね。
おのずとわかってはいますが、解法がわからんです。

ふつうにあると思いきや、意外とないみたいで、世間一般には。
ちなみにこの現象、うちの会社の他のマックでも起きるのですがね(機種は様々)。