» 001
面付けしたものをPDF-X4に書き出して、TrueFlow SEで刷版すればまずトラブルは無いのでは？

» 002
定番ものはps or pdf書き出しして、面付けソフトを通して出力。イレギュラーなものはQX or InDesignで面付けしてps or pdf出力してからripに投げてますね。やはり面付けはイラレではちょっと面倒な部分があるので、レイアウトソフトを使った方がはやいかと。
トラブルについては、DTPの場合100%確実な方法は無いと個人的には考えています。やはり試行錯誤して使っているripの特性やバグをとらえ、もっとも安全な方法で出力するようにしています。いずれにせよ、ripを100%信用せず、プルーファーをチェックしたり、検版することがトラブルを防止する一番の方法です。

» 003
設備によって抱えている問題が違うから、一言で全て解決できる答えがあるとは思えません。
起きた（起きると思われる）トラブルを一つ一つ解決していくのが正攻法では？
ちなみにうちではAD810が製作環境に追いつけてないのでそろそろ次のRIPを考えているところです。

» 004
イラレCS3orインデザCS3からPDF-x1aでRIPでOUTLINEPDF
それを大貼りしCTP出力
RIPはValiano3 Ver5.01

PDF-x4はまだテスト中

» 005
えっ？！、TrueFlow SEって刷版できるんだ。。
というのはおいといて、
うちは、RIPで生成した200dpi程の画像で分版やサイズ面付をチェック、その後dotTIFFをインクジェットでプルーフします。

「大丈夫だろう」と確認を怠るとそんな時にかぎってミスしてますね。

» 006
うちも印刷屋です。
トラブルはつきものですよね。
入稿してくるデータも様々で、あちこちに落とし穴があいているような感じでいつも油断大敵です。

出力のノウハウはいろいろとあるでしょうが、
同業他社（の現場）との横の繋がりがあると、
いろいろと情報交換ができたり、
助けて合ったりできていいと思ってます。

あまり自社から外に出れることは無いですが、
時間がある時は他の会社の現場を見学に行って
いろいろと話を伺ってきたりします。

小さな会社ほど孤立していってしまいますから、
これって大切だと思っているんですが。

。。。ちょっと質問者さんの意図とはズレてしまいました。
失礼しました。

» 007
「大丈夫だろう」←これが一番怖い。確認する人員がいてほしい。。