FlameMakerのオブジェクトがPDFにするとおかしくなる

こんにちは。お聞きしたいことがあります。
FlameMaker7.0のDTPで、楕円のオブジェクトをGIF画像の画面データの上に配置しました。
ところがこれをPDFに書き出したところ、この楕円の線の太さが同じ楕円の中でやたらに線が太いところや逆に細くなりすぎて消えかかっているところが出てきましてガタガタの楕円になってしまします。
全ての楕円のオブジェクトがそうなってしまっています。
どうしてこんなことになるのか。ならないようにするためにはどのような方法があるのか、ご存知の方がおられるなら教えていただければありがたいです。
» 以下、InDesign CSやIllustrator CSを参考に推測で書いています。

バックのGIF画像の解像度が低すぎ、あるいはPDF書出しのプリセットの「画像の圧縮」の画像解像度が低すぎとか、「透明の分割・統合」が低解像度になっているとか。