illustratorCS3からPhotoshopCS3への書き出しがうまくいきません

題名の通り、illustratorCS3からPhotoshopCS3への書き出し時に
他のレイヤーと統合してしまったり、今までillustrator9を使っていた
時には起こらなかった現象が起きます。
すべてのレイヤー状態を保ったまま書き出しができないものでしょうか?
» 001
ファイル→書き出しでPSDを選ぶと、書き出しオプションが表示されます。レイヤーを保持のチェックすればうまくいきませんか?
» 002
レイヤーの保持はチェックしていますが、うまくいく時といかない時があります。
コンポジットされてしまったレイヤーと、レイヤーが保持されているのが混在するのが、なぜかわかりません。
ご経験ある方、ぜひ教えて下さい。
不便で困っています。