InDesignの重複グリフの削除法

従来osx10.4.11、InDesignCS2、グリフをカスタマイズして作成していたドキュメントを、新規に構築した環境(osx10.5.5、InDesignCS3、グリフ移植)で開くと作成したグリフが一部(全てでないので厄介です)重複して表示され非常に不便です。
削除の対処法ご存知の方居りますでしょうか?

【経緯詳細】
元環境
osx10.4.11
InDesignCS2
グリフマネージャにて新規に記号などを作成し任意の文字の異字体として割当

新環境
osx10.5.5
InDesignCS3(5.0.4)
ライブラリーの中からグリフを複製移植し元環境と同じ状態にした

【現象】
元環境で異字体(仮に異字体1とする)を適用したドキュメントを新環境で開くと2つ字形パレットに表示される異字体がある。(無いものもある)(異字体1に新たに異字体2が増えている)

CS2同士の場合異字体を適用したドキュメントを異字体の登録されていない環境で開くと異字体はものも割当之標準字形に戻って表示される。

CS3の場合は登録されていない環境で開いても異字体はそのままの字形で表示され標準字形にならない。

新環境で新規に作成したドキュメントでは重複表示はならない(異字体1のみ)

結果的に何らかの情報がドキュメントに含まれている雰囲気何ですが「異字体2は分身のようで一部正常に機能していません。例えば分かっている範囲ではPDFヘの書き出しに不具合があります」削除もしくは本物のみ表示する様に出来ないものでしょうか。
よろしくお願いします。
» 001
追加です。
現象の1以外は正常な現象ではないかと思います。