OnyX使用後のトラブル

intel MacPro(MA970J/A) OS10.5.4でシステムメンテナンス出来るソフトがないか調べていたら
OnyX(Ver.1.9.6)を見つけました。それを実行後(キャッシュの削除など)
フリーソフトのほとんどうまく動かなくたってしまいました。
ダメになったソフトは今わかっているだけでも
Rena X 1.3.3 / イラレの鬼MX1.0.6 / PhotoPathfinder1.4.8など
基本的にはコマンド+Qなどのショートカットの使用が出来なせん。
Rena Xでは指定文字列などの設定の入力(文字入力欄に文字が打てません)

Adobeのソフト(CS3Design Standard)は問題なくつかえています。

なにか解決方法がわかる方がいましたらお教えください。

できればOSの再インストールはさけたいです。

ソフトの再インストール(バックアップからコピーするだけですが)では直りませんでした。
アクセス権の修復もやりましたがダメでした。
» 001
OnyXはいいツールですけど、知識がなくやみくもに使うものでもないですよ。少なくともこれはなにをしているかくらいは、おぼろげにわかっていないと。

とりあえず、動かなくなったソフトのPreferencesの削除。
その後セーフブート、その後ソフトの再インストールをしてみたらどうでしょう。
» 002
昼休みさまありがとうございます。
Preferencesの削除後再インストールは効果ありませんでした。
OS-DVDで起動し、システムのアーカイブ後インストールで解決しました。
OnyXではキャッシュの削除とアクセス権の修復、DOCKの設定変更しかしていないのですがこのような事になってしまったので今後下手に使わないようにします。
でもググッってみると定番ソフトと言っている所が多かったので問題ないと思っていました。

ありがとうございました。
» 003
すべてOnyXが悪いように書いてますが、問題があったのは、
OnyXそのものより、使い方か他の問題のような気がしますよ。
OnyXは、相当数の人が使用していると思いますが、
他にも同じような症状の人がたくさんいるようであれば、
OnyX自体の問題だと思いますが。。