» 以下のことが気になります。
・ダブルクリックで開くとAcrobat（Reader）が起動してしまう状態ですか？
・適切な拡張子はつけていますか？
・Illustratorで開くと、編集可能なPDFとして処理されますか？
　（パスの分断などは起きてませんか？）
・メモリは足りていますか？　また10.0.3へのアップデートは？

ちなみにIllustrator9以後、内部的にはPDFであり、
MacOSではファイルタイプもPDFとして保存されています。
ただしIllustrator10の場合は、保存時のオプションによって若干データ内部に変化があります。
詳しくはマニュアルをご参照ください。

» その現象になったことありますよ。
普通にコマンド＋Sで上書き保存してるのに、
PDFになってしまう奴。

最近、なってないなぁ

再インストールしてみたらどうでしょう？

» あさうす様、KANI様御回答有り難うございます。
・ダブルクリックで開くとAcrobat（Reader）が起動してしまう状態ですか？

そういった事はないみたいです

・適切な拡張子はつけていますか？

はい

・Illustratorで開くと、編集可能なPDFとして処理されますか？
　（パスの分断などは起きてませんか？）

今の所、平気な様です。

・メモリは足りていますか？　また10.0.3へのアップデートは？

アップデートしておりませんです。ありがとうございます。

とりあえず再インストールもういっかいしてみます。
落着いたしました。ありがとうございました。