PDFからのテキストの部分抜き出し

いつも拝見させていただいております。

ご質問なのですが、

Acrobat7.0のハイライトテキストツールで部分的にハイライト表示がされているPDFが入稿し、そのPDFからハイライト表示部分を抜き出して索引を作ってほしいと言われました。

HTMLで保存して抜き出してみたりしたのですが、うまいこと抜き出せず、何か良い方法はと悩んでおります。

Acrobat(7.0)において、PDFからハイライト表示部分だけを抜き出すなんて事は、できるものなのでしょうか?