photoshop cs2&cs3のダスト&スクラッチで

photoshopのcs2&cs3でスキャニング画像のゴミを
スタンプツールやダスト&スクラッチでとっているときに
画像に1ピクセル分のズレができているときがあります
ヒストリーで戻るとダスト&スクラッチを適用したあとにできているようです
気がつかない場合もあってとても怖いです。
原因がわかる方いらっしゃいますか?