» 001
＞（Pr6N。これは“鯖”や“辻”など標準で異体字になっているので避けます）

「出版社系」の雑誌等の仕事や書籍ならむしろそっちのほうが便利ですがね。
（「新聞社系」の場合、その限りではない）

というか、先方が使ってきたら、それと同じものを使うしかない。受注業である以上、しかたない。

普段使いでなにがいいか、ということであれば
収容文字数が多いもののほうが便利は便利ですね。

» 002
＞（Pr6N。これは“鯖”や“辻”など標準で異体字になっているので避けます）

今後の事を考えるとこれが一番新しい規格なのでこれを利用するべきだと思っています。
が、まだ全書体が揃っているわけではないので利用するのが難しいところですが・・・

これから、導入ということなので、既存データのこととか考えなくともよさそうですし（勝手な判断です）、フォントの管理も考え一番文字数の多いPr6の利用がいいかと。。。
ただPro版と併用して利用すると番地の違いで文字が変わってしまうものがあったので（自分が利用確認範囲で・・・）、じゅん系の書体などがPr5でないので異体字（Pr5以上）を特に利用しないのであれば現状はProがいいのかもしれません。

匿名その100さんも言っていますが、先方さんの要望なら選択する余地はないですけどね。。。

参考になればよいのですが・・・