いつも勉強させていただいています。
当方出力の現場のものです。

RIP側でオーバープリントを無視するように設定しているにもかかわらず、色網のオーバープリントが外れないことが何度かおきています。
これがおきるのは今のところ、イラストレーターv10のようです。

出力までのフローは、イラストレーターv10で見開きで作られているものをEPS保存し、クォークv4.1でページ組みしPSを書き出し、ファシリスv3.7で面付けしてPSを書き出し、RIP側のホットフォルダにコピーして、演算させています。
RIP環境は、Valianoflow3(3.1.2)です。

僕自身はお盆明けに職場が変わり、RIP環境が変わりました。
それまでは、Deltaシステム（v7）とPrinergy（去年3月から今年7月まで使用、常に一番新しいバージョンにしてました）でした。

以前の職場のPrinergy、現在の職場のValianoflow3、共にRIP側で、オーバープリントを無視し、スミ100%はオーバープリントをかける設定にしています。

Valianoflow3の販売元の富士フィルムに問い合わせてみると「イラストレーターv10のバグです。」と言われるだけで、DTPオペレーター側で対処しないといけない状況のようです。

対処するにしても単純にできるわけではなく、v9までのようにオブジェクトを全て選択し、属性パレットのオーバープリントを一度オンにしそれからオフする、ということができません。
v10では全て選択すると、属性パレットのオーバープリントがグレー表示されていじれなくなるのですね。

で、考えたフローは、
・v10で、フォントをすべてアウトライン化して、イラストレーター形式で保存。
・CS2で開き、EPSで保存する。その際、EPSオプションの透明／オーバープリントを破棄にする。
というので乗り切ろうと思っています。
フォントにモリサワOCFが使われている場合は、v10のオーバープリントプレビューを使い、カンプと照らし合わせながらひとつづつオーバープリントを解除しようと思っています。

以前の職場ではこういう経験がありませんでした。
これは以前の会社のクライアントのデザイナーさんがきちんとデータを作ってくれていて、現在の会社のクライアントのデザイナーさんのデータの作りが悪いだけでしょうか？

どうぞ、よろしくお願いします。