以前の職場では、僕の場合、一度にスキャナに載せられるポジは全部載せてスキャンしてました。
すると複数枚の写真の塊が出来るので、それを複製しては
要る写真だけをトリムしてました。
パスは自動選択ツールで生成。それでも抜きにくいものは
ペンツールでやっていくしかありません。
フォトショップ4.0を使用していましたが、頻繁に使うコマンド「回転」と「パスを作成」には、ResEditでショートカットを
つけていました。

スキャンは、アタリであれば256色でいいと思います。
ちなみに GT9500は、確かに遅いと思います。
僕は PM 7500でGT9500使用していたので、これは
スキャナ自身のスペックだと思います。

最近発売されている同社製の7600U/S（３万円弱） とかの方が、倍以上早いように感じます。