> ドキュメント外のEPSデータ（ボックスの一部分はドキュメント内にある）が
> 3.3ではプリントできるのに4.05ではプリントされません。
> 何か方法はないでしょうか？

いまいち状況を把握できないのですが、ドキュメントのペーストボードには
み出した画像が印刷されないということですよね？

Quark社のテクニカルサポートデータベースで以下のことが書かれて
いますが何か関係がありそうですので試してみてください。
この内容を読んだ感じでは印刷されなくて正常のような気もします。

http://www.quark.co.jp/techdb/db_129.html