ゴミ箱に入れるときなどにメッセージは出ないのですか。

ファイルの情報の「所有者とアクセス権」も見てみてください。
アクセス権が自分以外になっていたり「読み／書き」になっていなかったりするとゴミ箱で消すことが出来ない場合があります。