http://blog.ddc.co.jp/mt/dtp/index.html
↑ここらあたりをご参考に。

> InDsignCS2で印刷屋入れしたところ、
> モリサワ書体しか使用してないのに、フォントがない会社で
> フォントの埋め込みをしてPDFにしてくれ、と言われました。
> そのやり方がわからないです。
>
> 埋め込みはInDsignCS2でやるとか言ってましたが
> 昔、PDFでやるとも聞いたような・・・・。

いろいろな意味で驚きですね。
とりあえずユーザガイドかヘルプくらいは目を通してみてはどうかと。
なお、InDesignだけで完結させる方法を示唆されたようですが、
そうではなくAcrobatを使う方法のほうが望ましいのは申すまでもありません。

ユーザーガイドとヘルプは目を通しました。PDFの書き出しも
試しにやってはみました・・・・。

HP参考に頑張ってみます。

> ユーザーガイドとヘルプは目を通しました。PDFの書き出しも
> 試しにやってはみました・・・・。

書き出したPDFをAcrobatで開いて、フォント情報を確認してみましたか？