サブレイヤーの中の下層レイヤーが印刷すると上層レイヤーの上に出てしまっていました。

依頼された出力会社の方ではデータはいじられていないという前提ですが、「クリッピングパスが複雑に掛かっていて正常な出力にならなかった」くらいしか、思いつきませんがいかがでしょうか？

複雑なドキュメントという感じでしょうか？