インデザインにリンクしたときに、インデザインでは違う画像になってしまいました。

InDesignにIllustratorのデータを配置ですね。
違う画像というのは、配置した段階で起きましたか？
配置済データが、勝手に違う画像になりましたか？

リンクしてあるイラストレーターのデータには正しい画像がリンクされています。

IllustratorのデータはInDesignに配置されているだけでなく、
Illustrator内でも別のファイルにリンクさせているのでしょうか？

同名の内容が違う画像が他のフォルダにあり、それと差し替わっているようです。こんなことってあるんでしょうか？

基本的な事ですが、
リンクファイルには任意のユニーク（重複しない）なファイル名を付与されることをお勧めします。

まずは、レスした内容について、確認して頂けますでしょうか。

あと、「環境設定」の「ファイル管理」の「リンク」内に
チェックボックスが４つ・ドロップダウンが１つ
設定できるところがあります。

ここの設定によって、リンク画像の更新や
再リンク先フォルダの挙動が変更できますので、
そこの設定も併せてご確認ください。

流星光輝さんの書き込みにある「環境設定」の画像を貼っておきますね。

一番下の項目が怪しそうですね…。

流星光輝様、吉田印刷所【運営】様
回答ありがとうございます。

違う画像というのは、配置した段階で起きましたか？配置済データが、勝手に違う画像になりましたか？

IllustratorにはAという画像が配置されており、そのIllustratorをInDesignに配置すると、Bという画像をまったく別のフォルダから配置し、InDesign上に表示してしまいます。そのデータをプリントアウトもしくは、PDFに書き出すとBという画像のまま出力されてしまいます。Illustratorを再度開いてみても、Aという画像のままです。

また、ファイル管理のリンクの項目を変更してみましたが、同じ状態になりました。

原因はよくわからないですが、Illustratorを再保存すればAの画像のままのようですので、こちらで対応していきたいと思います。

お忙しい中ありがとうございました。