MK2色のPDFだと色を変換などでできますが、K版は効きません。

なんのソフトで変換されているのかは分かりかねますが、K版とグレースケールを違う形で認識されているのではないでしょうか。
実際にカラースペースから見れば、異なるからスペースなので、バッチやオブジェクト検索などで引っかけようとしても、ひっかからない可能性があります。
CMYKのKとグレースケールをどちらも引っかかるように条件を設定されてみてはいかがでしょうか。

弊社で同様の仕事があった場合は、Heidelberg社のPDF ToolboxというAcrobat用プラグインを使用して変換します。

●Heidelberg - Prinect PDF Toolbox 　プリネクトPDFツールボックス
http://www.jp.heidelberg.com/www/html/ja/content/articles/prinect/module/prepress/prinect_pdf_toolbox
http://www.heidelberg.com/h/www/en/content/products/prinect/prepress/prinect_pdf_toolbox,overview

確かこのHeidelberg Prinect PDF toolboxは単体でも買えたように思います。

入手しやすい似たようなものとしては、PitStopがあります。
http://www.swtoo.com/product/enfocus/pitstop/

ありがとうございます。情報不足で失礼しました。
M+Kで作成されたInDesignデータをPDF書き出しします。
Photoshopで設定したプロファイルを使用して、AcrobatXの「色を変換」機能でマゼンタをオレンジに変更しています。
K1色で作成されたPDFを同じように緑に変えたいと思っています。
ページ数が多いので一括変換を希望します。
ご教示いただいたソフトでそういったことは可能でしょうか。
引き続きよろしくお願い申し上げます。

Heidelberg Prinect PDF toolbox・PitStop Proともにできるかと思います。

PitStop Proは、体験版もあるので試されてはいかがでしょうか？
http://www.swtoo.com/download/enfocus/demo/pitstop-pro-demo11.html

たびたびありがとうございます。まずデモ版を試してみます。
でも高額ですし、他の機能は必要ありません。
AcrobatとPhotoshopではできないんでしょうか。
続けてご教示お願いいたします。

AcrobatとPhotoshopではできないんでしょうか。

M+Kのものが変換できるのであれば、K1色のものにも、全ページにMを0.1％とかどこかページの端に入れておけば変換できそうな気もしますが…。

同じやり方でやってもKはかわらないんです。やり方が悪いのかもしれませんが…。
今回はPDFしかないんです。なのでどこかにMをいれることができません。
またPitStop Proは不要な箇所まで変わってしまい使うことができませんでした。
これは元のDTPデータにも不備があるためかもしれません。
何かヒントをいただければ幸いです。

MとKで作られたPDFの色の置き換え http://goo.gl/y6lbh
特色カンプ作成法これでいかがか？ http://goo.gl/sqOLo

この辺りをご参考にされてみてはいかがでしょうか。

たびたびありがとうございます。
もともとこちらの、MとKで作られたPDFの色の置き換え http://goo.gl/y6lbh
から作業をしていました。
PDFはCMYKのKで制作されていました。Kとグレースケールのカラースペースの違いというのがわかっておらず、調べるのに手間取ってしまい申し訳ありません。
上の設定でCMYKをRGBに変換しているようなので、
K→RGBの掛け合わせの黒→RGBの掛け合わせを特色に置き換えられればいいのかと漠然と考えておりましたが、何か基本的知識が欠けているような気がしてきました…。