>保存はaiのほうがいいのでしょうか。
と有りますが、そもそも保存形式をPDFにする理由は何でしょうか。
保存形式を選択する際には、それぞれ明確な理由があります。
PDF保存は、そのファイルを作成したアプリケーションの有無、或いはWin、Ｍacの違いを超えて汎用的に閲覧できることを目的に作成するものです。
そう言うことが無く、単にIllustratorのドキュメントを保存する、と言うことであれば、普通はそのアプリケーションのネイティブ形式、つまりai形式で保存します。

読み込みやフリーズなどのトラブルについて、これだけでは分りかねます。