選択されている線のそばで新たな線をひくとそうなります。
いったん選択を解除してからひけば大丈夫だと思いますが。

要するに、描いたパスを終了させていないで、新たにパスを描いているつもりということかな？
別のパスを描く時は、それまで描いていたパスを一旦終了（Macではコマンドキーを押しながら白場をクリック）させて、新たに描く。
でどうでしょうか。

ツールボックスの鉛筆ツールアイコンをダブルクリックするとオプションの設定ができます。
ここで　選択を解除か、パスを編集しない　の設定に変更してください（ブラシツールも同様）。