私ならですが・・・

1.変更ファイルの一つで変更になったスォッチを作成します。
2.適当な○でも□でも作って塗りを作成したスォッチを
　適用します。
3.それをコピーして他の変更ファイルにペーストします。

勝手にスォッチにも入りますので、適用していきます。

ちなみに同じファイルの中でなら
編集→選択→同一色の塗りを使うと一気に選択できます。