聞くまでも無いことですが、

>一点のアンカーポイントを選択して、

ダイレクト選択ツールで、そのアンカーポイントだけの選択になっていますよね。

重なった複数のアンカーポイントを選択していることはありませんか。
うちのWin Illustrator 9.0.2 では、一つのアンカーポイントをダイレクトツールで
選択してあれば【変形パネル】で移動できました。
二つ以上のアンカーポイントが選択されているとmon さんのようにオブジェクト全体が
移動してしまいました。
一つ選択した場合と複数を選択した場合では【変形パネル】の基準点図が変わります。
「オブジェクト」－「変形」－「移動」を使えば複数のアンカーポイント選択でも
移動できました。

＞亭主さま
はい。ダイレクト選択ツールで、アンカーポイント1点だけを選択しているのですが。うーむ。。。

＞あぷらいとさま
複数選択にはなっていないようで、基準点図はこんな感じです→　―■―
アンカーポイントも1点だけが選択になっています（□ではなく■になっています）
オブジェクト＞変形＞移動でポイント単体の場所移動はできるのですが、目的の座標ポイントに移動させるためには足し算引き算が必要に…（泣）

設定等は無さそうなので、インストールの問題かもしれません。基準点でポイントが決められないと不便ですねぇ…(^-^;