落とすバージョンによっては、仕方ないです。
確かver3.0にするとレイヤーは一個になります。これは、3.0の時代にレイヤー機能が無かったんじゃないかと推測してます。

カラーに関しては、おそらくカラーモードが影響してるんじゃないかと。ver8.0まではデフォルトのカラーモードはCMYK、ver9.0からRGBを標準のカラーモードにしてると思います。

なので、書類の作成時にカラーモードをCMYKにする、とかオブジェクトのカラーを全てCMYKに変換するといいのでは、と思います。

イラチさんありがとう御座います。落としたバージョンは8です。黒以外の色は使わないのでCMYKは意識したことが無かったです。