「上書き保存」で、データに不具合が起きる状況として、この掲示板でも2つのケースが寄せられています。

1）、正当なデータをウッカリ不備なデータで上書きしてしまった場合。
この場合単に「削除」した時より始末が悪るそうですね。
過去ログの何処かに、その失敗の顛末が有った筈ですが、修復は難しかったと思います。

２）、もう一つ、これもハッキリした原因は分かりませんが、「上書き保存」は時として不安定なので、心配なときは「別名で保存」した方が良い、と言うこと。

http://illustrator-ok.com/bbs_log/faq/contennts/faq_setting_performance_2.htm#p10

なお、[ワード検索]で、例えば「上書き保存」で検索すれば、何件か関連情報が得られます。
例えば………、
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>あと、PDFで保存していたデーターは、イラレに変換できますか？

PDFに関し詳しくないのですが、バージョン9以降、内部フォーマットがPDFになっているので、普通にIllustratorで開いてAI形式で保存しなおせば良いと思うのですが、バージョン8ではどうなんですかね。
いずれにしても、この件については分かる方からのフォローを。

亭主さん回答有難うございます。
これからは、「別名で保存」をしたいと思います。

あと、PDFで保存でIllustratorで開いてAI形式で保存しなしてみます。また質問すると思いますが、よろしくお願い致します。