マスクそのものは、複数レイヤーでも問題なく設定できます。
マスク用のオブジェクト（この場合円形）を最前面に配置し、全てを選択した後「オブジェクト→クリッピングマスク→作成」で出来ますよね。
（勿論この場合、レイヤー、オブジェクトのロックを外して置かないと、マスクの対象になりません）。

只、これをWeb用に書き出すと、マスクされて非表示になった領域まで書き出されてしまいます。
ファイヤーワークス等、Web画像ソフトを使っているなら、そちらでマスクを掛けて円形に切り出すことは出来ます。

Illustratorだけでの処理なら、書き出したい領域を四角形で囲み、トンボを設定して「Web用に保存」すれば、その部分だけ書き出すことが出来ます。

回答ありがとうございます。
クリッピングマスクはレイヤーに関係なく作れるのですね。目からうろこでした。


なお、全く関係ないですが、トップページ左のメニューボタン、上から順番にマウスカーソルを乗せていくと途中で閉じてしまいますが、下から上へ移動させると快適です。

>………トップページ左のメニューボタン、上から順番にマウスカーソルを乗せていくと途中で閉じてしまいますが、下から上へ移動させると快適です。

そうなんですね、
上からon mouseして下げてゆくと「更新履歴」でご指摘の状態になります。
その上の「Link」のドロップダウンメニューが広く、それがたたまれた時マウスポイントが「更新履歴」ボタンから外れる事による現象です。

「下から上へ移動……」も良いのですが、私は横からon mouseしています。
まっ、皆さんやりやすい方法でやって下さい。

クリッピングマスクを作成した円を選択し、スライスを作成してWeb用に保存すると手間なくきれいに切り抜けました。