新規書類を作成してそこに「配置」してみて、あらためてハードディスクに
保存しなおしてみてはどうでしょう。

貴重なアドバイス有難うございます。
確かにその方法で何とかイラレ画像として開いたのですが、レイヤーが一つになってしまいました。（開けれないよりましですが。）
これから、グラデーションメッシュを多用するときには再度開ける度にレイヤーが壊れるかと思うと気が重いのです。
もう一台、かの悪名高いMeに9.02をのせたマシンがあり、同じようにAIPrefsファイル削除をしましたら、これは今のところグラデーションメッシュオブジェクト一つを１レイヤーとして１０レイヤーまで作っていますが、問題なく開くようになりました。
Ｍｅだと言う事で、恐る恐る（ゆっくりとの意）やっているのがいいのでしょうか？Win2000を載せたマシンは新しく、CPUが2.5Gありますので、調子に乗ってバンバンとメッシュを作って、レイヤーの階層も高速でやったのがいけなかったのでしょうか？

うーん、たぶんそのトラブルはファイルの内容よりもOSのファイルの扱い方？に
不都合が起きてるという感じではないかと推測します。
NT系はそこら辺が95/98系よりシビアなので、例えばMOから直接開こうとすると
うまくいかないとか、そういうことが多いような気がします。

私は、常駐ソフトは最小限、メモリーは監視して残りが少なくなったらすぐ保存、
時折ソフトを再起動してメモリーを解放、MO直接保存はしない、などを励行して、
ソフトが保存動作をスムーズにできるようにしています。
効果があるのかわからないですが(^^;)

m_ogawaさん、ありがとうございました。
基本に立ち返って慎重に扱ってみます。
ところで、上級者の方達は、AIファイルで最大どれくらいのサイズを作られるのですか？勿論、マシンの性能や環境、操作によって異なるのでしょうが。出来れば、ザクッと。

上級者ではありませんが…
A4の大きさで、2～3MBぐらいで仕上がってます。
celeron466に320MBのスペックなので1MBを越えたあたりから
だいぶ厳しくなってきます。2MBを越えると1時間に1回、再起動
してます。（ver10）

バンバンさん、有難うございました。
２メガ越えで、一時間に一回ですか。
大変参考になりました。丁度、私のマシンも１メガを超えた辺りから怪しくなっていたんです。