＞カラー設定がAdobe Illustrator5.5互換カラーマネジメント用に設定されている為、

スレ主さんのカラー設定がAdobe Illustrator5.5互換になっているからでしょう。
Japan PrepressにすればJapan Color 2001 Coatedのまま開けるはずです。

対処方法って、、、

どうするのが希望なんですか？
あなたのIllustratorのカラーマネージメントの設定が
「そうなってる」のであって、それ以上でも以下でもないです。
埋め込みプロファイルを維持したいのであれば
カラーマネージメントの設定を変更して下さい。

なお、一般的にはCMYKデータにプロファイルを埋め込む
ことは行われません。
従って、「破棄」で問題ないと思われます。
何のために「埋め込んで」いるのか、その知人さんに
確認しては如何。

皆様ご回答有難うございます。
私の説明不足な点も有りご迷惑お掛けしました。
エラーが表示され、何のエラーかわからず、どう影響されているのかもわからないまま、慌てて掲示板に書き込みしてしまいました。
今後、気をつけます。カラー設定を今一度確認してみます。