「グラデーションをかけたオブジェクト」と「くり抜きたいオブジェクト」の上下関係は合ってますか？
「くり抜きたいオブジェクト」が透明で「グラデーションをかけたオブジェクト」の下に有る場合に、クリッピングマスクすると透明に成ります（普通は「くり抜きたいオブジェクト」を「グラデーションをかけたオブジェクト」の上に置いてクリッピングマスクします）。
「グラデーションをかけたオブジェクト」と「くり抜きたいオブジェクト」の上下関係が合ってる場合でも、「くり抜きたいオブジェクト」が複数有る場合（塗りも線も無い線や小さな図形が有って「くり抜きたいオブジェクト」の一部に重なってる場合等、レイヤーで確認すると判ります）も透明になります。
「くり抜きたいオブジェクト」以外にオブジェクトが有る場合は必要の無いオブジェクトを削除するか、両方のオブジェクトを、オブジェクト＞複合パス＞作成で一つのパスとして、「グラデーションをかけたオブジェクト」の上に重ねてクリッピングマスクするとくり抜けます。