いつもお世話になってます。

普段、Illustrator（Win使用、CS4）でオリジナルパターンなどを作っているのですが
スウォッチに変な入り方をする時があり、困っています。

添付の画像の四角部分内のみを、スウォッチとして登録したい場合
最背面に、四角の大きさと同じ、塗りなし・線なしのパスを
置いてスウォッチに掘り込みます。
画像の場合、簡単な柄なので入りますが
パスなどが複雑化してくると、突然余計な部分（四角からはみ出している部分）
まで、スウォッチに入ってしまうようになる事があります。
（うまく説明ができず申し訳ないです。）

知らないうちに変な操作をしていたかもと、見直してみても
それらしい所は見当たらず、作り方も今までと全く変えていません。

どなたかお知恵を貸して頂けましたら幸いです。
よろしくお願いします。