まず、環境やバージョンを明記されたほうがレスがつきやすいと思います。
おそらくver9だと思いますが、データに使用されている透明効果が画像に影響を与えていいて、分割処理を行う為に正しく出力するために埋め込む必要があります。マークが無い画像は透明の影響を受けていない画像です。
>EPS保存するとき　どう工夫したらいいでしょうか？
画像の保存時には関係ありません。eps画像を配置する際リンクのチェックを外しておけば、配置した時点で埋め込めます。画像の保存形式をpsdやtiffにすれば警告はでません。イラストレーターをeps保存する際に埋め込まれます。
使用している透明効果がどの画像に影響を与えていて、分割されるのかを確認する為にも、手作業で埋め込むのもいいのかなと思いますが。

説明不足で申し訳ありません！
MacOS9.2でした。写真のきりぬき透明が原因だったんですね。
（ただ、MacOSXではそのエラーはでなかったので 出力用のデータを
OSX側でEPS保存すればいいと思いがちですが、エラーが出ること自体でデータが未完成と判断し、不安なのでやっぱりOS9で作業して　個々に埋め込んでやりました。）
アドバイスありがとうございました！