おそらくなんですが、環境設定に用意されている
「リンクされたEPSに低解像度の表示用画像（プレビュー）を使用」のチェックが外れているんじゃないでしょうか。
その場合はEPSの実データがレンダリングされるので、表示処理はデータ数に比例して時間が掛かるようになります。

表示以外であればどこで重くなっているか、ということになります。
そのあたりは、現在何を行ってどのような点で重くなっているのか、もう少し具体的に記載してみてください。