解決法はわかりませんが、

こういう場合、ファイルを別名保存してから、負荷の大きそうなオブジェクト
（ぼかしや透明など）を順番に消去しながらEPS保存を試していく、という様に
私ならやってみます。
事前に「余分なポイント」などもチェックしておきます。

最小限のオブジェクトでもEPS保存できないということなら、システムの状態を
疑います。
98のタスクマネージャーに使用メモリーの表示があったか忘れましたが、無け
ればリソースメーターかメモリー管理ソフトを入れて使用可能メモリーの残量を
確認してみて、残りが極端に少ないようならそれが原因かもしれません。
98でイラレを使用する場合はシステムの限界にすぐ直面しやすいと思います。