Illustratorの新規ファイルで配置を選択した時点で、イラストレーター書類は『全てのファイル』からあがってこないのは、なぜでしょうか?
http://Illustrator-ok.com/bbs_log/faq/contennts/faq_performance_1.htm#p4
上記に基づいて、アドビのサポートデータベースを開くと、幾つかの解決例が出ますが、最後の、C 辺りに該当するかも。
もしくは、旧掲示板の過去ログ、647、857 で解答されているように、ファイルをテキストとして開き、編集ののち上書き保存、Illustratorデータとして開きなおす、と言う方法も試して見てください。
なお、その際には必ずファイルのコピーをとっておくこと。
実はIllustratorのデータは、ポストスクリプトとよばれるテキストデータなのです。
「基礎講座→ディジタル画像→画像形式(ビットマップとベクトル画像))-1の後段」参照。
Illustratorの当該ファイルを、Illustratorでなく、テキストエディタ(例えば、メモ帳など)で開くと言うことです。