はい。すべて画像・文字は埋めこんでいます。

＞その書類を開く
これは、イラストレーターで開きなおすということではなく
Acrobatで開くという意味ですよね？

問題の部分を事前に分割・拡張してみてはどうでしょうか？

みなさんありがとうございます。
イラレ9.0でPDF保存（5.0）した書類をアクロバットで開くと
このような現象が多々あります。ディステラーで
保存してもダメでした。
分割で保存（アクロバット4.0）すると大丈夫でした。

イラレ9.0を再インストしてもダメした。
とりあえず4.0で保存して使っていこうと思います。。。

開いているAcrobatReaderもしくはAdobeReaderのバージョンはどれをお使いでしょうか？
PDFファイルにもバージョンがあり、それぞれ以下のような機能が追加されています。

Acrobat4.0　PDF1.3（日本語フォント埋込対応）
Acrobat5.0　PDF1.4（透明機能対応）
Acrobat6.0　PDF1.5（レイヤー対応）

新しいバージョンのPDFを古いバージョンで読み込ませるとおかしくなってしまうのはそのせいです。
9.0で透明機能を使っていても、Acrobat4.0形式にすると大丈夫なのは、イラレ側で透明部分を埋め込み画像に変換してくれている為です。