複数のオブジェクトをグループ化して、その前にマスクオブジェクトを配置し、クリッピングマスクした場合、通常はグループ解除はされません。

若しかして、ダイレクト選択ツール（白抜きの矢印）で選択していませんか？

ごめんなさい。説明がわるかったです。グループでなくて
レイヤーがバラバラになってしまいます。
一つのレイヤーがあって、その中にサブレイヤーがいくつかありまして、ひとつの全体のレイヤーを選択してグリッピングマスクを作成しますと、サブレイヤーがわかれて一つのレイヤーとしてまとまってしまいます。それは仕方ないのでしょうか。

今まで特に意識したこともありませんが、クリッピングマスクされる際に、グループ化されますからそれに伴ってレイヤーが統合されるのでしょうね。