WinかMacか、OSは、Illustratorのバージョンなど、基本的な情報は書き込みましょう。

>パスの多い図でくりぬこうとすると………、
スペックが分からないのですが、そのパスの数ってどのくらいなのですか。

それに、いくつかのパスをグループ化したもので「クリッピングマスク」を掛けると、質問のような結果になったりします。

その場合は、マスクするオブジェクトを、パスファインダであらかじめ「合体」させ、一つのパスにしておく、など。