Mac OS9.2.2でも同じ状況です。
どうして？

縦組み文字列をオブジェクトに天地中央で揃えるときの挙動で不審な点があったのですが、なるほど、そういうことでしたか。

具体的には、例えば左右50mm、天地100mmの長方形オブジェクトの天地中央に縦組み文字列を揃えるとき、(1)同じ寸法のテキストボックスをつくって段落設定を「中央揃え」にすると問題ないが(2)文字ツールのクリックで入力した文字列と長方形オブジェクトを「整列」パレットで「中央揃え」にすると文字列が上よりになってしまう、という現象です。

Mac OS 9.2.2／ver. 8.0.1 では問題なく、ver. 9.0.2 で発生していました。

ゆうこさん、おっとさん。ご確認していただきありがとうございます。
MacのIllustratorでも同じ症状なのですね。
明らかなバグのようですが、修正版も出ていないようですし、
サポートデータベースにも記述がないようなので「仕様」なんでしょうね。