そうなんです。私も同様の質問をちょっと前にしたんですが、答えが返ってきませんでした。
下の方に答えがいくつか返ってるので見てみてください。

当方 WinXP , Illustrator10.0.3ですが…

メニューから「オブジェクト/クリッピングマスク/作成」でマスクすると自動的にグループ化されてしまうんですが、そのグループは解除出来ないようですね。(レイヤーパレット上でグループを解除するとマスクも外れてしまいます)
ですが…、レイヤーパレット上でマスク(レイヤーマスク？)するとグループ化されないでマスクできます。その後に「グループ化/解除」も出来ますが、その方法ではダメですか？

うささんの場合のように「外部からのデータで、マスクが階層化されていて複雑…」だったりすると直すのも一苦労ですが、自分でゼロから作っていくファイルならば「メニューからのマスク」よりもレイヤーパレット上でマスクする方が、後々直し易いと思いますよ。