プリフライトチェックは通りますか？

通らないで途中でInDesignが落ちるようでしたら、
インラインあるいはアンカー付きオブジェクトになっていた画像フレームと、親文字（＝アンカー付きオブジェクトマーカー）のリンクが切れて別の（アンカー付きオブジェクトマーカーでない、１字ないし２字後ろの）文字のpageItemになっていた、という場合でそのような現象を３回ほど経験しています。

異常な（pageItemsがゼロ）アンカー付きオブジェクトマーカーと、外れてしまった画像フレーム（画面上に見えませんが、選択はできます。リンクパレットからたどれたと思います。）を除去して下さい。

これだけではまだ、プリフライトチェックで落ちますので、さらに、異常が生じていたStoryの最後のテキストフレームのあるページの全てのアイテムを選択、コピーしてから全削除。
元の位置にペーストしてStoryの最後のページを復元。

これで、私の場合は修復出来ました。