以前に同様の症状になりました。マスターのテキストフレームと連結を解除すれば治ると思います。
たぶんバグだと思うのですが、次に流し込むテキストフレームをオーバーライド（選択してアクティブに）してから連結してみてください。面倒ですがオーバーライドしてから流し込めば正常に連結できるようです。

4.0.4にアップデートすれば改善されると思います。

KOUJIさま
ありがとうございます。マスターのテキストフレームと連結を解除　とは、具体的にどのように処置するのでしょう？やはり、次に流し込むテキストフレームをオーバーライドするしか方法はないのですかね？

品川さま
ありがとうございます。4.0.4にアップデートしてみます。

> マスターのテキストフレームと連結を解除　とは、具体的にどのように処置するのでしょう？
テキストフレームを連結／解除するのと同様に、インポートないしアウトポートのダブルクリックで連結を解除できませんか？

> 次に流し込むテキストフレームをオーバーライドするしか方法はないのですかね？
ボクがこの現象にあったときは、その方法がいちばん確実でした。
ドキュメントのページ数が決まっているのであれば、先にページだけ作ってしまって「ページ」パレットメニュー→「すべてのページアイテムをオーバーライド」か、「すべてのオブジェクトをマスターから分離」を使えば回避できると思いますが、それなら必要なフレームだけオーバーライドした方が作業性がいいのかなと思います。事前にCommand＋Shift＋クリックするだけですし。

KOUJIさま。
本当にありがとうございました。とりあえず今回の作業は↑の作業法で行いたいと思います。