https://dtp-bbs.com/indesignbbs/archives/9848sing_20060902220200.html
過去ログにこのような情報がありまして、当時レスなさっていた梅花藻さんによればこの現象は4.0.5でも直っていないそうです。
CS3での実験はまだですが、少なくともCS2でSINGを運用するには、充分に注意するしかなさそうです。

ひとつ確認しておきたい事は、その現象が起きるPCは、作成したSINGを登録してあるPCでしょうか？

SINGを登録していないPCで、SING外字を含んだドキュメントを開いた場合には、そのSINGが反映されるまでに多少のタイムラグが生じます。

また、InDesign CS2のSINGにはバグがあって（CS3では直っているのかしらん？）、２度以上保存すると（別名で保存でも）、SINGのグリフ情報が保存されない（保存されていたものが抜け落ちてしまう）ことがあります。
ただ、この場合でもテキストには、そのSINGの親字のユニコードと異体字情報（aaltの何番）は書き出されていますので、そのSINGを登録してあるPCでならSINGは表示されます。
登録していないPCでは、当然そのまま親字が表示されるだけです。

まだ、他にも問題があるのですが、それは過去ログを参照してください。

と、ここまで書いて貼付けようとしましたら、いきさんが過去ログを出してくれていますね。

新たにSING外字を登録すると、それ以前に保存したドキュメントのSING外字が、親字の異なるSING外字と置き換わってしまうことがありますので注意が必要です。

ありがとうございました。

この現象は外字を作成して、グリフレットマネージャーに登録しているパソコン上で起きたものです。登録していないパソコンではなぜか正常に表示されました。
ただ、毎回同じような挙動をするわけではないらしく、外字が消えることもあれば、正常に表示されたりもします。

過去ログなどを拝見すると様々な不具合があるようですので、安定して使用できるまでSINGの使用は控えようと思います。

CS3をお使いの方がいらっしゃったら感想をお聞かせ願いたいです。