おそらくepsファイルでしょうけれど、
プレビューの表示上の問題なので
出力自体はそれで問題ありません。

ただ、作業しづらいというはありますよね。
高解像度表示にすれば、プレビューでも
ちゃんと透けますよ。

私はそれもイヤなので、
epsファイルを保存し直します。
そのときプレビュー形式を
TIFF（8-bit カラー）にして
「透明」ラジオボタンにチェック入れています。
アクション使えばたいした手間でもないので
わりとおすすめ。

そのほかでは保存形式をaiにしてしまうのも。
こっちはリンク画像の更新が面倒ですが。

解決しました。
(-_-メ)さんどうもありがとうございました。