私はマスターに枠を置いておき、
テキストを流したいページに移動し、
テキストフレームをオーバーライして、
テキストを配置しています。
位置調整・サイズなどはマスターページで
直しますが、マスターを最適用することは
基本的に無いです。もし、そのような事態に
陥ることがあるとすれば、流したテキストを
切り取っておき、各種調整したあとで、
オーバーライドして切り取っておいたテキストを
ペーストしますね。

>とても不便に思います。
マスター上で位置やサイズを変更するより
ラクな方法があると良いのですが。
私には、現状よりラクに設定させる
ような機能が付くとは思えません。

スクリプト使えば、テキストチェーンで繋がっているボックスの
一括変換は簡単にできそうですね。

マスターのボックスにそれぞれ属性を付けておいて、
同じ属性名のボックスを一括変更するとかもいいかも。

すいません。作業の状況がよく分からないのですが、
>新しいマスターの適用をする
必要があるのでしょうか。
わたしの普段のやり方だと、マスターページのテキストフレームを変更するだけで各ページのテキストフレームが変わってくれるのですが。

わたしのやり方（CS）です
1　新規ドキュメントを作成、このとき「マスターにテキストフレーム」にチェック。
2　「配置」コマンドでテキストを自動流し込み。
3　マスターページでテキストフレームをいろいろいじってみる。
　（きちんとしたい場合はレイアウトグリッド設定とフレームグリッド設定の両方をいじることになりますが）
4　各ページに戻ってみるとマスターページでの変更が全ページに反映されている。
特にテキストフレームをオーバーライドする必要もないし、新しいマスターページを作成する必要もないと思うのですが。
理解力不足でしたらすみません。

マスターの変更などでは対処できない場合は、オブジェクトメニュー→変形シーケンスを個別に再実行などを使ってます。全ページのオブジェクトに適用しないといけませんが、ショートカットを割り当てておけばオブジェクトを選択してキーを押すだけなので、ひとつひとつ手作業でやるよりは少し楽かと思います。

お～まち様
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>4　各ページに戻ってみるとマスターページでの変更が全ページに反映されている。
特にテキストフレームをオーバーライドする必要もないし、新しいマスターページを作成する必要もないと思うのですが。
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確かにその通りなのですが、後からちょっとマスターを変更したくなって再適用することがあるとアウトなんです。
ドキュメントページのテキストフレームはオーバーライドになってしまい、その背後に空白のテキストフレームが張り付きます。
完璧にマスターページ（親マスター・子マスターまでも）を作った後ならいいのですが、如何せん後からいじりたくなる場面もあるものですから。

やはり、お～まちさんの方法しかないのでしょうかね。


KOUJI様

おお、そうですね。
ページ数が少ない時には使えそうです。ありがとうございます。