まずルビ設定でルビ文字を入力し、その後でダミー文字の■の色を白にしてください。
そうすると、ルビも白くなってしまいますが、カラーパレットの白色をスウォッチにドラッグすると、
なぜかルビが表示されました（なんでだろ）。
一応、ちゃんとプリントできるかどうか確認してみて下さいね。

過猶レ不レ及　（←縦書きです）

のようにレ点や一・二点を普通の文字で打って、それらのレ点や一・二点を「下付き文字」にする方法もあると思いますが、それではだめなのでしょうか。

追記しておきます。

>ダミーの文字　■　を入力して
>そこにルビを付け、■の上にオブジェクトで枠を描いて
>白にして、塗りつぶしているのですが、

この方法をされるのなら■を白にした後、「ルビ設定」の「ルビカラー」を黒、濃淡を100％にすればルビは黒になります。

漢文のレ点や一・二点って、左側じゃなかったでしょうか。
（ちがったらすみません）

みなさんレスありがとうございます。

早速ためしてみまして、
■を白で塗りつぶし、ルビ文字カラーを黒で処理したところうまくいきました。出力も問題なしです。
また、下付き文字でもできましたし、割注でもできましたが、
今回は、■を塗りつぶしで行くことにしました。
割注ですと、■のところが、半角になったときに有効です。
左右両方付けれるところがいいです。
今回は全角なので、問題ないようです。

これで、修正も楽になりました。
ありがとうございました。

> この方法をされるのなら■を白にした後、「ルビ設定」の「ルビカラー」を黒、濃淡を100％にすればルビは黒になります。

なるほど。先に■を白にしてから、ルビカラーを設定すればOKですね。
ありがとうございました。

あの～　勘違いしてるのかもしれませんが，
スペースの前の文字にルビ振ってルビを下に移動すればいいのでは？
それを文字スタイルに登録しておけば一発でOKのような。

>漢文のレ点や一・二点って、左側じゃなかったでしょうか。

左側です。
ところで、これらの返り点など漢文記号ですが、ちゃんと
Unicodeに入っているので、フォントによっては実装してますよ。
U+3190から、U+319Fまでです。
ちなみに、OS Xのヒラギノにも入ってますね。ただし、全然使え
ないです。だって、普通の字と同じ大きさなんだもん。
Unicodeの例示見本では、ちゃあんと『小さく』なってるのに。
これじゃ、意味ないじゃん！

最初に質問された、ぱぴさんはWindowsユーザーですよね。
Office2000に付属の『ArialUnicodeMS（5,0000字以上収録）』というフォントだと、返り点、入ってます。もちろん小さい字で。
ただし、こいつはゴシック体。使えねーのはMacもWinも同じですな。ご参考まで。

>ちなみに、OS Xのヒラギノにも入ってますね。ただし、全然使え
>ないです。だって、普通の字と同じ大きさなんだもん。

OS XのヒラギノProにある漢文記号（3190から319F）はInDesign上で「下付き文字」にすると、普通の文字を「下付き文字」にしたものと付き方が違う、というか左側に多くシフトされますね。
普通の文字とは挙動が違うようです。