あくまでも、
「OpenTypeのグリフを直接指定した場合」
のこと言ってるんだと思います。つまりグリフID指定のタグなん
かを使って、字形を呼び出さないでねってことかな。
http://www.tcp-net.ad.jp/danbo/jpc2002/index.html
キャプチャをみれば一目瞭然ですね。括弧など縦横それぞれの
グリフが縦組み、横組みで正しく呼び出されてない、というか
切り替わってないですからね。

うーんと言葉で言うより体感してみますか？
下記タグをテキストエディタかなんかで保存してください。

<SJIS-MAC>
<pstyle:><ct:R><cs:50><cf:小塚明朝 Std><pSG:7911><001A><pSG:><pSG:962><001A><pSG:><pSG:949><001A><pSG:><pSG:964><001A><pSG:><pSG:7888><001A><pSG:><pSG:7912><001A><pSG:><cf:><cs:><ct:>


横組みで適当なサイズのテキストフレームにタグを保存したファイルを配置。
タグが読み込まれたら、縦組みに変更してみてくだされ。

補足

先ほどのタグはMacでInDesign2.0、小塚明朝R Stdの環境でヴッチリ(笑)
フォントはないと警告されたら、適当なOTF、CIDに変えても大丈
夫なはず。
Winの人は<SJIS-Win>でOKかしら？？
1.0だったら<001A>の部分をすべて<0x001A>に書き換えればOKかな。

カタコリさん、早速にレスポンスをありがとうございます。
お礼、遅くなり申し訳なありません。ただ今帰宅しました。
さっそく「体感」してみます。
タグ、初体験で、ちょっとびびっておりますが。
日々精進です。

さっそく試してみました。
ヴッチリです。
上記書き込み誤植アリ、失礼いたしました。
（「遅くなり申し訳なありません」→「な」トルツメ）
私などは字形パレット以外での指定方法は、
普段はなかなかなさそうですが、こういうのを見ると、
縦組インデザインEPSをイラストレータに配置したときに、
カッコ類が変形するのを思い起こしました。
あれも、同じ理屈なのか……と思いましたが、
私には判断することができません（笑）。
ともあれ、一つ勉強になりました。
「あの」カタコリさんから直々レスポンスをいただけるというの
も感激です。どうもありがとうございました。

>縦組インデザインEPSをイラストレータに配置したときに、
>カッコ類が変形するのを思い起こしました。
>あれも、同じ理屈なのか……と思いましたが、

あれは単にPSっちゅうのがそういうのなので、今回のとはちと違
いますね。

>私などは字形パレット以外での指定方法は、

そうなんですよねぇ、OTFフルサポートの真の意味とはなんぞや、
ってなことを近々お目にかかれると思いまふ。字形パレットだけ
ではないのだぞ、と(笑)