環境がわかりませんし、「エンコード」ではなく「エラーコード」ではないでしょうか？ダイアログには「エラーコード3」の他になにも出てないのでしょうか？

Finderでのダブルクリックでなく、InDesignのファイルメニューの「開く...」からでも開きませんか？
環境設定を削除したり、別アカウントで開いたり、他の書類が開くかなど？

何を調べてみたのかわからないと、推測しかできません。

エラーコード3の他に「データベースエラーのために、要求を完了できません。ファイル･････には障害があります。」と出ていました。

環境は、OSXで、In Design CS2を使用しています。

「開く」で開くことはできませんでした。
後、別アカウントでも開くことができませんでした。
環境設定を削除する、他の書類が開くというのは
どうすればいいのでしょうか？